Qaqortoq Museum ligger i byens ældste bygning, en sorttjæret kolonibestyrerbolig, der blev opført i 1804. 

Her er blandt andet rekonstureret ’Det blå værelse’ og ’Det røde værelse,’ hvor henholdsvis Knud Rasmussen og Charles Lindbergh har overnattet.

Nordboernes historie er i fokus, og der er fund af harpuner, kajakker, spækposer.

I tilknytning til museet er opført en tro kopi af en tørvehytte fra begyndelsen af sidste århundrede.